秘密研究所アークが何者かに襲撃され一人生き残った少女。彼女は遺伝子操作によって超人的なアサシンを養成する〈魔女プロジェクト〉の実験体だった。初めて研究所の外に出た少女は、ある姉弟と出会うことで徐々に人間らしい感情に目覚めていく。しかし少女の力を危険視した〈魔女プロジェクト〉のペク総括は彼女を抹殺しようとする。さらに謎の超能力者集団や姉弟を狙う犯罪組織も加わり、哀しき宿命を背負った少女との壮絶なバトルの火ぶたが切って落とされる！人体実験により最強のアサシンと化した少女の戦いを、ダイナミックかつ斬新なアクションで描いた韓国映画『The Witch 魔女』シリーズの第2作。