20XX年、謎の組織「アドニス」による連続凶悪事件「通称：X-Day事件」が、新宿の街で立て続けに起こる。危険な街となってしまった新宿で、地域の安全のために日々奔走していた警察官の星野市香は、ある夜何者かに襲われ、毒が内蔵された首輪をはめられてしまう。混乱する星野は、独自でX-Day事件を追う元警察組織所属の男性たちと共に捜査をすることになり、様々な想いが交錯する中、事件に立ち向かうことになるが…。大人気の同名ゲームを原作にした劇場版アニメ2部作の後編。