『ＵＦＯ学園の秘密』から３年後。大学生となったレイたちは、宇宙からの侵略者レプタリアンと戦い続けていた。ある日、行方不明になった仲間を救うため、３億３千万年前の地球にタイムスリップすることになり…。地球の始まり、人類誕生の秘密などを描いたスペクタクルアニメ！