2154年―滅亡間近の地球、人類存続の最後の希望は、神秘の星パンドラ。貴重な鉱物資源採掘のため、人類はパンドラの先住民族ナヴィと人間のDNAを組み合わせた肉体〈アバター〉を開発。戦地で両足を負傷し、生きる希望を見失っていた元海兵隊のジェイクは〈アバター〉となってナヴィに接触。彼らの生き方に共鳴したジェイクは、ナヴィの女性ネイティリと恋に落ち、生きる希望を取り戻していく。ジェイクとネイティリは家族を築き、キリやロアクら子どもたちと平和に暮らしていた。しかし、クオリッチ率いる人類がパンドラに現れたことで神聖な森を追われてしまう。ジェイクたちはその先で出会った“海の部族”と共闘し、犠牲を伴いながら人類を退けることに成功。しかし…。森、海に続き――新たな戦いの炎が燃え上がる！