科学者で黒ずくめの組織の一員、宮野志保【コードネーム シェリー】は、神秘的な毒薬APTX（アポトキシン）4869を開発する。それは、工藤新一を幼児化させた薬だった！
しかし、黒ずくめの組織が、姉・明美を殺害したと知ったシェリーは、組織を裏切り、自身もAPTX4869を飲んでしまう。薬によって幼児化した彼女は、灰原哀と名乗り、身を隠しているのだが……。

少しずつ、だが確実に、黒ずくめの組織が、彼女に影を落とす。組織の幹部、ジンと最悪の再会を果たし、命を狙われた『黒ずくめの組織との再会』
バスジャックに遭遇した車内で、組織のメンバーの気配を感じ、死を覚悟した『謎めいた乗客』
クライマックスは、豪華列車の中で窮地に追い詰められた『漆黒の特急』
ベルモット、そしてバーボンとの直接対決に敗れた灰原は、組織の思惑通り、貨物車の爆発に巻き込まれ、死亡したと思われたのだが……。

トンネルを抜けた先に見えた真実とは?

TVシリーズ「漆黒の特急」を軸に、灰原哀の過去話と新規映像で再編した特別編集版。

組織との新たなる対決は、『名探偵コナン 黒鉄の魚影（サブマリン）』へ！