C.E.（コズミック・イラ）――遺伝子を調整し、生まれながらにして優れた身体能力や頭脳を持つ人類（コーディネイター）と、自然のままに生まれた人類（ナチュラル）が存在する時代。コーディネイターとナチュラルの間では己の存在をかけた思想が衝突し、武力を用いた戦争へと発展していた。その最中、個々へ役割を強制的に与え、競争のない世界を創成するシステム「デスティニープラン」が提唱されるが、人類の自由な未来と希望を守るため「デスティニープラン」は戦いの中、拒絶されることとなった。そして、多くの犠牲を払い戦争は終結を迎えたが、二つの人類の対立と憎しみは今もなお、各地にくすぶり続けている――。

C.E.71～を描いた『機動戦士ガンダムSEED』（2002～2003年）、C.E.73～を描いた『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』（2004～2005年）がTVアニメーションとして放送され、その後も様々なメディアで展開された。そしてC.E.75を完全新作ストーリーで描く『機動戦士ガンダムSEED FREEDOM』が、2024年、ファン待望の劇場公開！