太平洋戦争終結後、ＧＨＱが最初に命じたのは「忍者」組織の解体だった。それにより忍者は消滅したかに見えたが、彼らはあらゆる機関に潜伏し、現代でも暗躍していた。忍者組織「NIN」に所属する末端忍者・雲隠九郎（下忍）はある日、重大な“忍務”を言い渡される。それは戦後70年以上に渡り地下に潜り続けている、ある組織を調べること。その名は「アンダーニンジャ」。忍術、知略、そして最新テクノロジー。すべてを駆使した、かつてない戦いが今、始まる！
花沢健吾が描く唯一無二の世界観を実写化！誰も観たことが無い“現代忍者エンターテインメント”が幕を開ける！