長野県八ヶ岳連峰未宝岳。県警の大和敢助は雪山である男を追っていたとき、何者かが放った銃弾が左目をかすめ隻眼となってしまう。10カ月後、国立天文台野辺山の施設研究員が何者かに襲われたと通報を受け、敢助と上原由衣が現場へ駆けつける。事情聴取のさなか天文台の巨大パラボラアンテナが動き出すと、隻眼となった敢助の左目がなぜか激しく疼き出した。一方、毛利探偵事務所の小五郎は、警視庁時代の同僚との待ち合わせにコナンとともに向かうが、道中で突然銃声が響き渡る…。果たせなかった約束と、隻眼に宿る残像。氷雪吹き荒れる山岳で、因縁の幕が切って落とされる！