ロンドンでブラウン一家と平和に暮らしていたパディントンのもとに、故郷から1通の手紙が届く。育ての親のルーシーおばさんが元気がないというのだ。パディントンとブラウン一家は休暇を利用してペルーへ行くが、ルーシーおばさんは眼鏡と腕輪を置いて失踪していた。おばさんが残した地図を手掛かりに、インカの黄金郷があるというジャングルの奥地へとルーシーおばさんを探す旅に出る！だが、野生の勘を失ったパディントンは次々と大ピンチに遭遇。果たして無事におばさんと再会できるのか!?英国紳士なクマ・パディントンが、今度は故郷ペルーで大切な家族を探す史上最大のアドベンチャーが今はじまる！