“TOKYO MER”の活躍が高く評価され、全国の主要都市に新たなMERが誕生。その一方で沖縄・鹿児島では離島地域に対応できるMERの誘致活動が活発化。喜多見チーフと看護師の夏梅が派遣され、オペ室を搭載した中型車両＝NK1を乗せたフェリーで“南海MER”の試験運用が開始。しかし半年間が経過しても、緊急出動の要請はゼロ…廃止が決定的な状況となっていた中、鹿児島県・諏訪之瀬島で突如として火山が噴火！ヘリコプターによる救助は不可能。海上自衛隊や海上保安庁の到着も数十分後という状況…南海MERは島に取り残された79名すべての命を救うために、絶体絶命のミッションに挑む。