File 3 首都・東京に迫る脅威――。

東京湾を干拓することで土地不足を解消しようとした「バビロンプロジェクト」は、城門の完成をもって計画は終了。 時は過ぎ、東京湾から都心の地下へと場所を変え生まれた「アララギ計画」。人が搭乗し操縦するレイバーの新たな活用の場と期待され、老朽化したインフラを東京の地下を中心として改善するという大事業だが、地下という限られた空間で活躍したのはレイバーではなく、より小型なAI搭載自律型ロボットであった。そして、安らぎを冠したその計画は新たな混沌を生み出すことになる。東京各地で起きた異変の数々は地上から地下、そしてデジタル空間へも侵食し、人々を翻弄する。東京を遊び場のように跋扈する悪意に対し、特車二課の第一小隊と第二小隊は互いに協力し、その総力を持って立ち向かう！