デザリアムとは何者なのか。この記憶は真実なのか。信じてきた現実が崩れ、サーシャは自らの生きてきた証すら見失う。アルフォンもまた、己の存在への疑念の果てに、怖るべき結論へと至る。全人類を初期化する重核子爆弾──グランドリバース。迫る破滅に抗うため、“縁”に導かれるかのようにパルチザン艦隊が結集。最後の切り札、宇宙戦艦アリゾナが飛び立つ。いまだ潰えぬ、マザー・デザリアムの目的。そして明かされる、デザリアムの真の姿。

必ず帰る。雪との約束を胸に、艦長席に座る古代。数多の“謎”の答え、そして地球の“未来”を求めて。いま宇宙戦艦ヤマトは、デザリアム本星へと突入する──。