C.E.75を迎えてもなお、独立運動やコーディネイターの排斥を求める団体「ブルーコスモス」による侵攻など、コーディネイターとナチュラル間の戦いは未だ続いていた。事態を沈静化すべく、ラクス・クラインを初代総裁とする世界平和監視機構「コンパス」が創設される。キラ・ヤマトたちは、その一員として各地の戦闘に介入していく。そんななか、新興国ファウンデーションが、ブルーコスモス本拠地への合同作戦を提案してくる…。
遺伝子調整され生まれながらにして優れた身体能力や頭脳を持つコーディネイターと自然のまま生まれたナチュラルが存在する時代、C.E.(コズミック・イラ)を舞台にした『機動戦士ガンダム SEED』の劇場版。