ついに舞台はセガとソニックの母国である日本。東京湾沿岸に浮かぶ孤島に幽閉されていた闇のダークヒーロー・シャドウが長い眠りから目覚め、施設を破壊し、東京・渋谷に降臨。東京を、そして世界を揺るがす緊急事態に、ソニック、テイルス、ナックルズが派遣され、スクランブル交差点のど真ん中でシャドウと対峙する。ソニック、テイルス、ナックルズが最強ダークヒーローに立ち向かうハイスピードバトルが開幕！