荒涼たる辺境惑星エデンに１台のロケットが降り立った。わけあって地球から逃亡してきたロミと恋人のジョージは、この星を２人の新天地にしようと誓うも、未開の惑星での生活は厳しく、ジョージは事故で命を落としてしまう。ロミはひとり息子のカインのために自分の命を少しでも引き延ばすことを決意し、コールドスリープに入る。しかし、機械の故障で1300年間も眠り続けることになり、ようやく目覚めたロミは新人類が築いた巨大な町・エデン17の女王となる。 そんなある日、宮殿で悲しみに暮れるロミは、１人の心優しい少年コムと出会う。ロミの望郷の想いを知ったコムは、彼女と共に地球を目指して広大な宇宙へと旅に出る。“漫画の神様” と謳われる巨匠・手塚治虫の代表作「火の鳥」全12編のうち、わたしたちが生きる地球と宇宙の未来を描いた「望郷編」を初のアニメーション映画化。