父が戦いで散ってから７年が経過し、アネモネは戦場となった東京にいた。人類の敵、７番目のエウレカ＝エウレカセブンと戦うための組織・アシッドの一員として、アネモネには人類の希望が託されている。アネモネはエウレカセブンの中へとその精神を送り込むが…。少女アネモネを描く本作により、前作『ハイエボリューションI』の真の意味もまた明らかとなる。