3月に入り、3学期も残り1ヶ月。恋人の桜島麻衣の卒業式を迎えた梓川咲太。七里ヶ浜の海岸で麻衣を待っていると、彼の目の前に子役時代の麻衣にそっくりな小学生が現れる。これは夢か幻か、不可思議な体験を思い返していた咲太のところに父親から電話がかかってくる。それは、花楓に起きた出来事を受け止めきれず、長いこと入院していた母親から届いた「会いたい」という願い。母の願いに応え、花楓と共に母親と会うことを決めるも久しぶりの対面の機会に緊張を隠し切れない。そんな咲太の体には見慣れない傷跡が現れる。これは新たな思春期症候群の前触れか―。心揺れる少女たちとの切なくも瑞々しい思春期ファンタジーを描いた、人気TVアニメシリーズの劇場版第3弾！