日本各地で市民が突如意識を失う事件が多発する。事態への関与が疑われる山姥切国広の確保と時間遡行軍の殲滅を目的とする“匿名任務”が発令され、各本丸より戦力が投入されるが…。大ヒットを記録した前作から４年、現代を舞台に華麗に舞い戦う刀剣男士たちの勇姿を見届けよ。