ニューヨークで人間に見つからないよう身を潜めて暮らしているカメのミケランジェロ、レオナルド、ラファエロ、ドナテロは、普通のティーンエイジャーとして人々に受け入れられたいという願いを叶えるため、新たな友人エイプリルの助けを得て、謎の犯罪組織との戦いに乗り出す。しかし、彼らの前に現れたのはミュータント化した敵の大群だった…。世界的ポップカルチャーアイコンとして幅広い世代から支持を集める「ミュータント・タートルズ」。タートルズの大ファンを公言する俳優セス・ローゲンがプロデューサーを務めた長編アニメーション。