日本の近海で、海上自衛隊の潜水艦が米原潜に衝突し沈没した。艦長の海江田四郎を含む全76名が死亡との報道に衝撃が走るが、実は乗員は全員生存しており、事故は日米政府が極秘に建造した高性能原潜「シーバット」に彼らを乗務させるための偽装工作だった。しかし、米艦隊所属となったシーバットの艦長に任命された海江田は、シーバットに核ミサイルを積載し、突如反乱逃亡。海江田を国家元首とする独立戦闘国家「やまと」を全世界へ宣言した―。やまとを核テロリストと認定し、太平洋艦隊を集結させて撃沈を図るアメリカと、アメリカより先にやまとを捕獲すべく追いかける、海自ディーゼル艦「たつなみ」。その艦長である深町は、過去の海難事故により海江田に並々ならぬ想いを抱いていた…。各方面で論争を呼び社会現象となったかわぐちかいじ作の大ヒットコミックを、連載から30年の時を経て大沢たかおを主演に実写映画化。