希望の塔ユートピア。しかしそこは、人間の欲望が生み出した絶望の塔だった。この世界を救い出す唯一の方法、ゴーレムと呼ばれる化け物に対するワクチンを研究していた。特殊な抗体を持つ一人の少女を研究材料にして。少女は間宮響の娘ミライ。響はユートピアに集った5人の男たちと共にミライを救い出す決心をする。男たちは愛する人や家族友人を助け出すため、生き延びるための食糧や金を盗むため、それぞれ譲れないものを抱え反発もあったが、次第に響の信念に共鳴し共に戦う決心をする。しかしそこにはタワーの罠と様々な裏切りが待ち受けていた。覚悟を決めた響は大切な子供への想いを胸に、襲い掛かるゴーレムたち、そしてワクチン開発のためには手段を選ばない残酷な人間たちと戦い続ける。シリーズ初となる劇場版『きみセカFINAL』すべてが終わる壮絶な最期へ。