ドラえもんのひみつ道具「宝探し地図」を使って宝島を探していたのび太は、太平洋に突然現れた新しい島を発見。さっそく船で探検に向かうが、海賊に襲われ、しずかがさらわれてしまう。宝島の秘密を知る少年フロックの協力を得て救出に向かうが…。大海原を舞台に、ドラえもん史上最大の冒険がいま始まる！