10年間に渡って放送された人気テレビドラマ「コード・ブルー」待望の劇場版！これまで多くの大規模災害に出動し、支え合ってきた藍沢たち。互いへの思いを抱えながらも別々の道へ旅立つ時が近づいていたある日、成田空港機内で傷病者が多数発生、そして東京湾を運行するフェリーが濃霧のため海ほたるに衝突という連続事故が発生する。「空」と「海」未曾有の史上最悪の現場に、彼らはいかに立ち向かうのか？